Lizbona posiada wyjątkowo długą i burzliwą historię. W swoich dziejach była pod władaniem wielu różnych nacji, których odmienne rządy i zwyczaje przez lata kształtowały to miasto.

Pierwsze wzmianki dotyczące zasiedlania obszaru dzisiejszej Lizbony sięgają roku 1200 p.n.e. Znaleziska archeologiczne wskazują, że pierwszymi osadnikami w tym rejonie byli Fenicjanie, którzy według jednej z teorii nadali miastu nazwę Allis Ubbo, co w języku Fenicjan oznacza „Bezpieczną Przystań”.

Około 200 roku p.n.e. miasto znalazło się pod rządami Rzymian, którzy zmienili jego nazwę na Felicitas Julia. Z czasem rozwinęło się gospodarczo, stając się ważnym ośrodkiem handlu z innymi rzymskimi prowincjami.

Od 409 roku n.e. miasto było pod panowaniem kolejno Alanów, Siewów i Wizygotów.W sierpniu 711 roku Lizbona została zajęta przez muzułmańskich Maurów, w większości byli to Berberowie i Arabowie z Afryki Północnej i Bliskiego Wschodu. Zdobywcy wznieśli wiele meczetów i budowli arabskich oraz ustanowili nowy system administracyjny. Obecnie muzułmański wpływ najbardziej widoczny jest w najstarszej dzielnicy Lizbony – Alfama, której udało się przetrwać potężne trzęsienie ziemi.

W 1108 roku miasto zostało podbite przez norweskich krzyżowców kierowanych przez Sigurda I w drodze do Ziemi Świętej. Jednak już w roku 1111 ponownie pozostaje odbite przez Maurów.

W roku 1147 Lizbona po raz kolejny zostaje podbita przez krzyżowców, tym razem prowadzonych przez Alfonsa I Zdobywce. Zostaje on pierwszym władcą Portugalii i postanawia przywrócić chrześcijańskie zasady, w efekcie czego wiele meczetów zostaje zniszczonych bądź przekształconych w kościoły, zaś ludność muzułmańska wypędzona z miasta. Przywracanie chrześcijaństwa jest to jednym z najważniejszych wydarzeń w historii Lizbony.